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Medical Imaging6

[의료 영상] Bias Field Correction에 대하여 의료 영상 분석에서 정확한 intensity(강도) 표현은 매우 중요합니다. 하지만 MRI 영상에는 종종 불균일한 밝기 분포, Bias Field (또는 Intensity Non-uniformity)라는 것이 존재하는데, 이런 요소는 제거해주지 않으면 후처리 과정에 방해가 됩니다. 이번 포스팅에서는 이 bias field가 무엇인지, 왜 발생하는지, 그리고 어떻게 bias field correction을 수행하는지에 대해 알아보겠습니다.Bias Field란?Bias Field란 실제 조직의 물리적 신호가 아닌 기계적, 물리적 원인에 의해 덧붙여진 저주파 성분을 말합니다. MRI 영상을 보다보면, 어느 부위만 전반적으로 어두워져서 실제로 같은 조직인데도 intensity가 다른 시리즈를 볼 수 있습니다... 2025. 6. 10.
[의료 영상] HD-CTBET 툴을 사용하여 CT에서 skull stripping하는 방법 뇌 영상 처리에서 Skull Stripping(두개골 제거)은 정합, 분할, 분석의 첫 단계입니다. 이번 포스팅에서는 HD-BET을 기반으로 만들어진 CT 영상 특화 Skull Stripping 도구, HD-CTBET을 사용하여 뇌 CT 영상에서 skull stripping을 수행하는 방법을 소개하겠습니다. 자세한 내용은 아래 페이지를 참고하시기 바랍니다. https://github.com/CAAI/HD-CTBET GitHub - CAAI/HD-CTBET: MRI brain extraction toolMRI brain extraction tool. Contribute to CAAI/HD-CTBET development by creating an account on GitHub.github.comHD-C.. 2025. 6. 4.
[의료 영상] HD-BET 툴을 사용하여 MRI에서 skull stripping하는 방법 뇌 영상 처리에서 Skull Stripping(두개골 제거)은 정합, 분할, 분석의 첫 단계입니다. 이번 포스팅에서는 독일 DKFZ에서 개발한 Brain Extraction Tool, HD-BET을 사용하여 뇌 MRI 영상에서 skull stripping을 수행하는 방법을 소개하겠습니다. 자세한 내용은 아래 페이지를 참고하시기 바랍니다.https://github.com/MIC-DKFZ/HD-BET GitHub - MIC-DKFZ/HD-BET: MRI brain extraction toolMRI brain extraction tool. Contribute to MIC-DKFZ/HD-BET development by creating an account on GitHub.github.comHD-BET 사용 .. 2025. 6. 4.
[의료 영상] SynthStrip 사용하여 skull stripping 하는 방법 의료 영상 처리에서 뇌 MRI나 CT에서 두개골(skull)을 제거하는 작업은 후속 작업(정합, 분할 등)을 위해 필수입니다. 이번 포스팅에서는 FreeSurfer에서 제공하는 SynthStrip 도구를 활용하여 NIfTI 포맷의 영상에 대해 skull stripping을 수행하는 방법을 소개합니다. SynthStrip은 다른 HD-BET과 같이 MRI만 지원하는 툴과 달리, 아래와 같이 여러 sequence를 전부 지원한다는 점이 흥미롭습니다. 구체적인 가이드는 아래 링크 참고하시기 바랍니다.https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/docs/synthstrip/ FreeSurferSoftware Package for Brain MRI Analysissurfer.nmr.mgh.har.. 2025. 6. 4.
[의료 영상] ANTsPy 라이브러리를 활용한 정합(registration) 의료 영상을 다루다보니 두 영상 간 정합(registration)을 해야하는 상황이 많이 생깁니다. ANTs는 의료 영상 처리, 특히 정합 작업에 있어 세계적으로 가장 많이 사용되는 도구인데요, ANTsPy는 파이썬에서 지원하는 ANTs 라이브러리라고 보시면 됩니다.Registration이란?정합(registration)이란 서로 다른 시간, 장비, 또는 모달리티(CT, MR)로 얻은 이미지를 같은 공간 좌표계로 맞추는 과정을 의미합니다. 정합을 통해 기대하는 것은 아래 3가지 입니다.원점(origin) 일치FOV 일치시리즈 내 슬라이스 장수 일치예시를 통해 살펴보겠습니다. → 전체 장수 불일치, FOV 불일치, 원점 불일치 → 전체 장수 일치, FOV 일치, 원점 일치ANTsPy를 활용한 기본 Reg.. 2025. 5. 27.
[의료 영상] 의료 영상 데이터 전처리 방법 - Resize, Resample, Normalization, Gamma Correction, Adaptive Equalization 이번 포스팅에서는 영상 데이터 처리 방법에 대해 알아보도록 하겠습니다. AI 모델의 성능을 높이기 위해서는 AI가 잘 학습할 수 있도록 입력 데이터를 잘 넣어주는 것이 중요합니다. 그러나 실제 현실의 데이터는 다양한 환경에서 수집될 수 있기 때문에 포맷이 제각각인 경우가 많은데요, 이를 해결하기 위해 반드시 거쳐야하는 과정이 preprocessing, 즉 데이터 전처리입니다. 그 중에서도 대표적으로 사용되는 기법인 resize, resample, normalization, gamma correction, adaptive equalization을 의료 영상 데이터를 활용하여 실습해보겠습니다!데이터 및 라이브러리 가져오기데이터를 현재 세션으로 가져옵니다.!git clone https://github.com/.. 2025. 1. 25.

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