전체 글129 Bias Field Correction에 대하여 의료 영상 분석에서 정확한 intensity(강도) 표현은 매우 중요합니다. 하지만 MRI 영상에는 종종 불균일한 밝기 분포, Bias Field (또는 Intensity Non-uniformity)라는 것이 존재하는데, 이런 요소는 제거해주지 않으면 후처리 과정에 방해가 됩니다. 이번 포스팅에서는 이 bias field가 무엇인지, 왜 발생하는지, 그리고 어떻게 bias field correction을 수행하는지에 대해 알아보겠습니다.Bias Field란?Bias Field란 실제 조직의 물리적 신호가 아닌 기계적, 물리적 원인에 의해 덧붙여진 저주파 성분을 말합니다. MRI 영상을 보다보면, 어느 부위만 전반적으로 어두워져서 실제로 같은 조직인데도 intensity가 다른 시리즈를 볼 수 있습니다... 2025. 6. 10. HD-CTBET 툴을 사용하여 CT에서 skull stripping하는 방법 뇌 영상 처리에서 Skull Stripping(두개골 제거)은 정합, 분할, 분석의 첫 단계입니다. 이번 포스팅에서는 HD-BET을 기반으로 만들어진 CT 영상 특화 Skull Stripping 도구, HD-CTBET을 사용하여 뇌 CT 영상에서 skull stripping을 수행하는 방법을 소개하겠습니다. 자세한 내용은 아래 페이지를 참고하시기 바랍니다. https://github.com/CAAI/HD-CTBET GitHub - CAAI/HD-CTBET: MRI brain extraction toolMRI brain extraction tool. Contribute to CAAI/HD-CTBET development by creating an account on GitHub.github.comHD-C.. 2025. 6. 4. HD-BET 툴을 사용하여 MRI에서 skull stripping하는 방법 뇌 영상 처리에서 Skull Stripping(두개골 제거)은 정합, 분할, 분석의 첫 단계입니다. 이번 포스팅에서는 독일 DKFZ에서 개발한 Brain Extraction Tool, HD-BET을 사용하여 뇌 MRI 영상에서 skull stripping을 수행하는 방법을 소개하겠습니다. 자세한 내용은 아래 페이지를 참고하시기 바랍니다.https://github.com/MIC-DKFZ/HD-BET GitHub - MIC-DKFZ/HD-BET: MRI brain extraction toolMRI brain extraction tool. Contribute to MIC-DKFZ/HD-BET development by creating an account on GitHub.github.comHD-BET 사용 .. 2025. 6. 4. SynthStrip 사용하여 skull stripping 하는 방법 의료 영상 처리에서 뇌 MRI나 CT에서 두개골(skull)을 제거하는 작업은 후속 작업(정합, 분할 등)을 위해 필수입니다. 이번 포스팅에서는 FreeSurfer에서 제공하는 SynthStrip 도구를 활용하여 NIfTI 포맷의 영상에 대해 skull stripping을 수행하는 방법을 소개합니다. SynthStrip은 다른 HD-BET과 같이 MRI만 지원하는 툴과 달리, 아래와 같이 여러 sequence를 전부 지원한다는 점이 흥미롭습니다. 구체적인 가이드는 아래 링크 참고하시기 바랍니다.https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/docs/synthstrip/ FreeSurferSoftware Package for Brain MRI Analysissurfer.nmr.mgh.har.. 2025. 6. 4. ANTsPy 라이브러리를 활용한 정합(registration) 의료 영상을 다루다보니 두 영상 간 정합(registration)을 해야하는 상황이 많이 생깁니다. ANTs는 의료 영상 처리, 특히 정합 작업에 있어 세계적으로 가장 많이 사용되는 도구인데요, ANTsPy는 파이썬에서 지원하는 ANTs 라이브러리라고 보시면 됩니다.Registration이란?정합(registration)이란 서로 다른 시간, 장비, 또는 모달리티(CT, MR)로 얻은 이미지를 같은 공간 좌표계로 맞추는 과정을 의미합니다. 정합을 통해 기대하는 것은 아래 3가지 입니다.원점(origin) 일치FOV 일치시리즈 내 슬라이스 장수 일치예시를 통해 살펴보겠습니다. → 전체 장수 불일치, FOV 불일치, 원점 불일치 → 전체 장수 일치, FOV 일치, 원점 일치ANTsPy를 활용한 기본 Reg.. 2025. 5. 27. [Linear Algebra] Matrix(행렬)은 Linear Operator(선형 연산자)이다? 공부를 하다보면 행렬을 단순히 숫자 더미로 생각하게 될 때가 있는데요, 그러면 우리 뇌는 그냥 본질을 내다버린 계산기가 되어 버립니다. 제가 그랬어요..ㅠㅠ그래서! 우리는 반드시 이 행렬이라는 녀석이 벡터를 변형하는 구조적 도구라는 걸 이해하고 선형대수를 바라보아야 합니다.그래야 선형대수라는 학문을 훨씬 더 입체적으로 볼 수 있게 됩니다.Linear Operator(선형 연산자)란?먼저 선형 연산자가 무엇인지부터 알아야 되겠죠? 선형 연산자는 말 그대로 벡터를 입력받아 다른 벡터로 바꾸는 함수입니다. 그런데 조건이 하나 있어요. 어떤 함수 $T$가 선형 연산자가 되려면, 다음 두가지를 만족해야 합니다.1. 덧셈 보존 (Additivity)$$T(\overrightarrow{u} + \overrightar.. 2025. 5. 19. [Linear Algebra] Null Space(영공간)에 대하여 선형대수학을 공부하다보면 Ax=0라는 형태의 식을 많이 접하게 되는데요,이걸 기하학적으로 이해하지 못하고 그냥 계산기처럼 수식 계산만 하게되면 선형대수학을 공부하는 의미가 없어집니다.제가 그랬죠... 그래서 다시 공부하는 중... 그러니까 Null space에 대해 정확하게! 직관적으로! 한번 살펴보자구요!Null Space의 수학적 정의 Null Space(영공간)는 선형대수에서 다음과 같이 정의됩니다. 어떤 행렬 A가 있을 때, $A\overrightarrow{x} = \overrightarrow{0}$를 만족시키는 모든 벡터 $\overrightarrow{x}$의 집합 즉, 행렬 A에 곱했더니 결과가 0이 되는 x들만 모은 공간을 말하는 것이죠.Null Space의 직관적 예시아래와 같은 Ax=0 .. 2025. 5. 18. [Linear Algebra] 선형 독립(Linear Independence)과 기저(Basis) 선형대수학이라는 학문에서 가장 중요한 첫걸음 중 하나로, 선형 독립(Linear Independence)이라는 개념이 있습니다.그리고 이 개념과 짝지어서 나오는 개념이 바로 기저(basis)라는 개념이죠.처음엔 복잡해보일 수 있지만, 차근차근 보다보면 이해가 되더라구요.일단 딱딱한 수학적 정의를 먼저 살펴보고, 제가 이해한 대로 직관적인 설명을 해보겠습니다.Linear Independence의 수학적 정의 벡터들이 선형 결합(linear combination)으로 서로를 만들 수 없다면, 그 벡터들은 선형 독립이라고 합니다. 예를 들어, 벡터들이 $\overrightarrow{v_1}, \overrightarrow{v_2}, \overrightarrow{v_3}$ 일 때,$a_1\overrightarr.. 2025. 5. 18. 이전 1 2 3 4 ··· 17 다음
